Sejarah Singkat Perkembangannya Setelah berdiri SMP Pujotomo dengan modal satu kelas dengan jumlah siswa sebanyak 35 anak, sarana pendidikan yang pokok serta beberapa orang Bapak/Ibu pengasuh dan staf tata usaha dibawah pimpinan Drs. Mansyur Siradj melaksanakan kegiatan-kegiatannya. Untuk selanjutnya yayasan Pujotomo memberi amanat/kepercayaan untuk membina dan mengembangkan kepada Bapak Suwito sebagai Pejabat Kepala Sekolah yang pertama. Hal ini dilakukan karena Bapak Drs. Muh Mannsyur Sirodj tidak lama kemudian diangkat sebagai Kepala Madrasah Ibtidaiyah (MIN) Sumberrejo. Pada saat itulah oleh Kepala Sekolah diupayakan ijin operasional kepada pihak yang berwenang. Dengan surat bernomor 31/B-X/SMP/77 tertanggal 13 Oktober 1977 dan dengan rekomendasi Kepala Kantor Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Kabupaten Magelang, 085/1.03.18/I/I/78 pada akhir berhasil mendapat Piagam Pengakuan Sekolah Swasta dari Kepala Bidang Pendidikan Menengah Umum Kantor Wilayah Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Propinsi Jawa Tengah nomor 0519/XX/4.p/78 tanggal 1 April 1978. Proses lebih lanjut dari perkembangan SMP Pujotomo berlaku dengan diserahkannya penguasaan, pemilikan dan penyelenggaraannya oleh Yayasan Pujotomo sebagai pihak pertama yang dalam ini diwakili oleh Bapak Dardak Suhardan, BSc. Selaku mandataris Ketua Yayasan, Kepada Muhammadiyah Daerah Kabupaten Magelang sebagai pihak kedua yang dalam hal ini diwakili oleh Bapak Abu Ubaidah, BA selaku; sebagaimana tertera pada Berita Acara Serah Terima SMP yang dilaksanakan dan ditanda tangani bersama kedua belah pihak beserta para saksi pada tanggal 17 Agustus 1980 M bertepatan dengan tanggal 6 Syawal 1400 H. sesuai dengan bunyi pasal 1 Berita Acara Serah Terima tersebut maka untuk selanjutnya sebutan lembaga sekolah ini menjadi SMP Muhammadiyah Pujotomo Mertoyudan. Penyerahan SMP Pujotomo kepada Muhammadiyah tersebut dikandung maksud untuk lebih dapat menunjang pengembangan dan peningkatan kualitas maupun kuantitas lembaga pendidikan ini pada masa kini maupun masa depannya; disamping untuk melestarikan dan mendayagunakan barang wakaf/amal jariyah baik yang berupa tanah, pergedungan, meubeler dan lain-lainnya sebesar-besar kemanfaatan. Perlu kiranya dicatat pula bahwasanya beberapa waktu sebelum itu pun terjadi perkembangan dalam kepemimpinan sekolah berhubung dengan alasan kesehatan penjabat Kepala Sekolah yang tidak memungkinkan lagi untuk melaksanakan tugas sebagaimana mestinya maka untuk kelancaran dan perkembangan dilimpahkanlah kepemimpinan sekolah oleh Yayasan kepada Drs. M. Shodiq yang secara resmi dikukuhkan dengan diterbitkannya surat Pimpinan Muhammadiyah Majelis Pendidikan dan Pengajaran Daerah Kabupaten Magelang nomer E-1/107/MPK/VI/1980 tanggal 7 Syawal 1400 H bertepatan dengan tanggal 18 Agustus 1980 M. Lebih jauh lagi perkembangan SMP Muhammadiyah Pujotomo Mertoyudan dapat dituturkan bahwasanya setelah melalui proses pembenahan dan pengembangan dalam berbagai segi selama lima tahun kemudian, dari hasil penilaian Tim Penilai Akreditasi dalam rangka Akreditasi Sekolah Swasta yang dilakukan pada tanggal 25 Maret 1985, dengan Surat Keputusan Kepala Kantor Wilayah Departemen Pendidikan Propinsi Jawa Tengah nomor 359/103/H/1985 tanggal 31 Desember 1985 SMP Muhammadiyah Pujotomo Mertoyudan dinyatakan dan ditetapkan meningkat jenjang akreditasinya, dari status Terdaftar menjadi DIAKUI, setelah beberapa waktu sebelumnya mendapatkan piagam dari Direktur Sekolah Swasta Departemen Pendidikan dan Kebudayaan tanggal 7 Januari 1985 dengan nomor Data Sekolah sebagai tanda sekolah tercatat. Adapun perkembangan terakhir hingga saat ini adalah lima tahun kemudian dari diterimanya peningkatan status diakui, bahwasanya sejalan dengan gerak lajunya perkembangan pendidikan. Dengan semangat kuat untuk maju berkembang dan dengan segala daya upaya dan kemampuan dari segenap jajaran SMP Muhammadiyah Pujotomo serta semua pihak terkait, setelah melalui proses penilaian secara resmi dari Tim Penilai Akreditasi dalam rangka Re-Akreditasi Sekolah yang dilaksanakan pada tanggal 20 Agustus 1990 pada akhirnya dengan Surat Keputusan Kepala Kantor Wilayah Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Propinsi Jawa Tengah nomor: 405/103/H/1990 tanggal 31 Desember 1990, Alhamdulillah dengan rahmat Allah SWT. Status/jenjang akreditasi SMP Muhammadiyah Pujotomo Mertoyudan dinyatakan meningkat lagi dari jenjang Diakui menjadi Disamakan.